O PROJEKTU

NASLOV PROJEKTA:

Genomsko inženjerstvo i genska regulacija u staničnim linijama i modelnim organizmima tehnologijom CRISPR/Cas9 -CasMouse

Projekt CasMouse obuhvaća istraživanja u području (epi)genomskog inženjerstva i genske regulacije, a istraživanja će koristiti state of the art molekularne alate koji se osnivaju na sustavu CRISPR/Cas9 i CRISPR/dCas9. Ovi sustavi omogućavaju precizno navođenje enzima nukleaza ili pak modulatora ekspresije gena na gotovo bilo koje mjesto u genomu, time i manipulaciju funkcije željenih gena u staničnim linijama i modelnim organizmima. Najveća snaga sustava CRISPR/Cas9 alata leži u mogućnosti jednostavnog konfiguriranja za rješavanje niza konkretnih bioloških pitanja. Planirane istraživačke aktivnosti obuhvaćaju manipulaciju gena uključenih u glikozilaciju imunoglobulina G (IgG) u staničnom modelnom sustavu FreeStyle -293F u koji će se u tu svrhu stabilno ugraditi fuzije dCas9-VPR i dCas9-KRAB. Ova CRISPR/dCas9 platforma služiti će za istraživanje molekularne osnove (genetičke, epigenetičke i glikozilacijske) kroničnih upalnih bolesti. Ciljevi projekta su: 1) manipulacija gena kandidata, potencijalno uključenih u glikozilaciju IgGa, a u svrhu funkcionalne validacije, odnosno identifikacije molekularnih mehanizama kojima su ti geni uključeni u glikozilaciju IgGa; 2) manipulacija glikozilacije IgGa u svrhu promjene proupalnog u protuupalno antitijelo (glikoinženjering); 3) stabilna ugradnja CRISPR/dCas9 fuzijskih proteina u mozak miša, te izrada transgeničnih miševa. Očekuju se rezultati koji bi omogućili primjenu ovih moćnih molekularnih alata za nove terapijske pristupe u liječenju neuroloških bolesti u čovjeka. Svrha projekta je jačanje kapaciteta partnera za provedbu tržišno orijentiranih razvojno-istraživačkih aktivnosti, komercijalizaciju rezultata istraživanja te transfer znanja i tehnologija u poslovni sektor. Provedbom projekta također se želi ojačati potencijal za daljnju suradnju partnera na provedbi interdisciplinarnih istraživanja koja objedinjuju njihove individualne znanstvene fokuse, ostvarujući na taj način značajan doprinos unapređenju različitih istraživačkih područja, a ponajprije područja biomedicine i biotehnologije. Ciljne skupine zainteresirane za komercijalizaciju rezultata projekta CRISPR/Cas9 - CasMouse obuhvaćaju prvenstveno znanstvenu zajednicu i poduzetnike u sektoru biotehnologije. i biomedicine. Zainteresiranim znanstvenicima ponudit će se konstrukcija CRISPR/Cas9 vektora konfiguriranih prema njihovim specifičnim potrebama, a kao krajnji cilj je ponuditi konstrukciju transgeničnih staničnih linija i transgeničnih miševa prema specifikacijama naručitelja. Potražnja za ovakvom vrstom proizvoda je evidentna, ne samo iz broja biotehnoloških kompanija koje nude elemente predloženih proizvoda, nego i iz iskustva Nostelja projekta čiji su molekularni alati putem neprofitnog repozitorija Addgene distribuirani stotinama zainteresiranih istraživača širom svijeta.

NOSITELJ PROJEKTA: Prirodoslovno-matematički fakutet Sveučilišta u Zagrebu, Biološki odsjek, Zavod za molekularnu biologiju, Laboratorij za Epigenetiku

PARTNER NA PROJEKTU: Medicinski fakultet Sveučilišta u Zagrebu, Zavod za histologiju i embriologiju

VODITELJICA PROJEKTA: prof. dr. sc. Vlatka Zoldoš

UKUPNI IZNOS PROJEKTA: 6.080.000,00l kn bespovratnih sredstava (EU financira: 7.091.972,07 KN); sufinanciranje od strane Voditelja i Partnera projekta kroz plae postojećih zaposlenika koje iznosi 16,03%

RAZDOBLJE PROVEDBE PROJEKTA: 20. prosinac 2019. - 20. prosinac 2022.

CRISPR/Cas9 CasMouse Projekt Sveučilište Zagreb Prirodoslovno-matematički fakultet - Duga verzija

CRISPR/Cas9 CasMouse Projekt Prirodoslovno-matematičkog fakulteta Zagreb Kratak promo video

PROJEKTNI TIM

Laboratorij za epigenetiku:

Zadatak Nositelja projekta je izrada, validacija i karakterizaciju alata, koji se temelje na tehnologiji CRISPR/dCas9, za mijenjanje epigenoma i regulaciju geneske ekspresije. Nositelj projekta ima veliko iskustvo s izradom i primjenom ovih molekularnih alata, a u projektu CRISPR/Cas9 CasMouse cilj je dizajnirati specifične dCas9 fuzije za modulaciju gena uključenih u glikozilaciju imunoglobulina G (IgG). Molekularni alati će se testirati i primjenjivati na modelu stanične linije HEK293 Free Style modificirane tako da izlučuje imunoglobulin G (IgG). Cilj projekta je gliko-inženjerstvo imunoglobulina G za proizvodnju protutijela IgG s promijenjenim glikanima koji mu daju željene karakteristike (protuupalne). Izravna kontrola glikozilacije IgGa regulacijom odgovarajućih gena predstavljala bi novi fleksibilni sustav i značajan iskorak u gliko- inženjerstvu. To je posebno važno za proizvodnju terapijskih protutijela IgG, čija glikozilacija ima ključnu ulogu u modulaciji njihove efektorske funkcije i može značiti razliku između upalnog i protuupalnog odgovora. Za protutijelima s definiranim uzorkom glikozilacije postoji potražnja na tržištu te će se iz tog razloga konstruirati staničnu liniju za proizvodnju IgG- a s glikozilacijom kontroliranom putem sgRNA.

Prof. dr. sc. Vlatka Zoldoš, voditeljica grupe za epigenetiku

Vlatka Zoldoš redovita je profesorica na Biološkom odsjeku Prirodoslovno-matematičkog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Godine 2007. na studij Molekularne biologije uvela je kolegij Epigenetika te je osnovala Laboratorij za epigenetiku na Zavodu za molekularnu biologiju. Od 2013. do 2017. godine bila je Predstojnice Zavoda za molekularnu biologiju. Od 2007. godine vodi domaće (MZOS, HRZZ) i bilateralne (COGITO; ICGEB-CRP) projekte, te je sa svojim timom dio znanstvenih konzorcija velikih međunarodnih projekata iz programa FP7 i Horizon2020. Voditeljica je radnih paketa unutar dva FP7 projekta (2012. – 2016.) i dva projekta iz programa Horizon2020-Health (2017. – 2022.). Zoldoš je sa svojim istraživačkim timom dio Centra izvrsnosti za personaliziranu brigu o zdravlju, te su jedan od partnera nekoliko velikih domaćih konzorcija projekata iz programa IRI, CEKOM i UZI. Glavni znanstveni interes joj je epigenetička regulacija glikozilacije proteina povezano s multifaktorijalnim bolestima u čovjeka. Sa svojim znanstveno- istraživačkim timom prva je u svijetu dizajnirala i validirala molekularni alat CRISPR/dCas9-DNMT3A za ciljanu metilaciju molekule DNA, te razvila široki spektar alata koji se osnivaju na ovoj tehnologiji za upotrebu u istraživanjima fundamentalnih epigenetičkih fenomena. Dobitnica je stipendije francuske Vlade za inicijaciju znanstvenih istraživanja (1995.-1996.) te za izradu doktorskog rada (1996. – 1999.), te je dobitnica nagrade za najbolji znanstveni rad od strane Društva Sveučilišnih nastavnika i ostalih nastavnika (godine 2001). Urednica je renomiranih znanstvenih časopisa u području epigenetike, genetike i molekularne biologije: Clinical Epigenetics, Briefings in Functional Genomics i Scientific Reports.

Doc. dr. sc. Aleksandar Vojta

Doc. dr. sc. Aleksandar Vojta doktorirao je 2006. godine na sveučilištu Ludwig-Maximilians-Universität, München, Njemačka, gdje je istraživao biokemijske aspekte transporta proteina u kloroplaste. U Hrvatsku se vratio na Veterinarski fakultet u Zagrebu, gdje se bavio istraživanjima iz područja fiziologije životinja. Usavršavao se na Western University of Health Sciences u Pomoni, CA, SAD u trajanju od jedne godine (2010/2011). Od 2012. prelazi na Prirodoslovno-matematički fakultet u Zagrebu u zvanju višeg asistenta, a 2015. godine izabran je u zvanje docenta. Istraživački interes usmjerava na epigenetiku, s posebnim naglaskom na izradu molekularnih alata koji se osnivaju na tehnologiji CRISPR/Cas9 za genomsko i epigenomsko inženjerstvo kao i na modeliranje staničnih procesa (epigenetička kontrola glikozilacije proteina).

Dr. sc. Vedrana Vičić Bočkor

Vedrana Vičić Bočkor je doktorirala Molekularnu Biologiju i biokemiju na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu. Bavila se epigenetičkim istraživanjima na biljnim modelima. U ovom trenutku zaposlene je kao poslijedoktorand u Grupi za epigenetiku te su joj osim u uobičajenim molekularnim metodama specifične kompetencije potrebne za ovaj projekt u imunofluorescenciji, fluorescencijskoj mikroskopiji, fluorescencijskoj in situ hibridizaciji, sortiranju transfeciranih stanica pomoću magnetnih kuglica, te upotrebi CRISPR/Cas9 alata.

Paula Gršković, mag.mol.biol.

Paula Gršković diplomirala je molekularnu biologiju na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu 2018. godine. Diplomski rad izradila je u Kliničkom bolničkom centru Zagreb na Kliničkom zavodu za transfuzijsku medicinu i transplantacijsku biologiju na Odjelu za tipizaciju tkiva, a tijekom studija obavljala je stručnu praksu na Zavodu za animalnu fiziologiju Biološkog odsjeka na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu te u Klinici za infektivne bolesti „dr. Fran Mihaljević“ na Odjelu za imunološku i molekularnu dijagnostiku. Zaposlena je kao asistentica na Zavodu za molekularnu biologiju Biološkog odsjeka na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu. Njezino područje interesa je tumorska biologija, mehanizmi interakcija između tumorskih stanica i komponenti tumorskog mikrookoliša, te ima kompetencije u radu s animalnim stanicama, imunohistokemijskim metodama, fluorescencijskoj mikroskopiji, te upotrebi CRISPR/Cas9 alata.

Novozaposleni na projektu:

Nika Foglar, mag. mol. biol.

Nika Foglar diplomirala je molekularnu biologiju na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu, u veljači 2019. godine. Diplomski rad izradila je kroz Erasmus stručnu praksu na Sveučilištu Ludwig-Maximilian, Münchenu, Njemačka, u grupi prof. M. Götz gdje se bavila istraživanjem utjecaja ortologa proteina Trpn1 iz 7 vrsta na proliferaciju stanica mišjeg korteksa. U sklopu tog projekta naučila je tehnike kloniranja sustavom Gateway, uspostave primarnih kultura mišjeg korteksa, transfekcije animalnih stanica, imunohistokemijske i imunocitokemijske metode za fluorescentno obilježavanje proteina antitijelima uz fluorescentu mikroskopiju, te metode za kvantifikaciju i analizu podataka. Trenutačno je zaposlena je na projektu CRISPR/Cas9 - CasMouse u sklopu kojeg joj je zadatak uptorebom molekularnih alata koji se osnivaju na tehnologiji CRISPR/dCas9 mijenjati epigenetičke oznake, uključujući oznake u DNA i na histonskim proteinima, te pratiti njihov sinergistički učinak na ekspresiju ciljanih gena bitnih u glikozilaciji IgG i u mozgu miša.

Karlo Miškec, mag. mol. biol.

Karlo Miškec diplomirao je molekularnu biologiju 2019. godine s pohvalom magna cum laude na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu u Zagrebu. Dobitnik je Nagrade Zoran Zgaga za najbolji diplomski rad u kojem su korištene metode genetičkog inženjerstva, a tema je bila pokazati ulogu proteina BPM1 u epigenetičkoj regulaciji unutar puta metilacije DNA usmjerene molekulom RNA na bakterijskom i kvaščevom modelu. Rezultate diplomskog rada objavio je u obliku posterske prezentacije na Humboldt konferenciji, te su isti rezultati i predstavljeni i u obliku oralne prezentacije na međunarodnom kongresu biljaka i molekularne biologije u Amsterdamu, Nizozemska. Tijekom studija je odradio sedam demonstratura, tri puta je sudjelovao na manifestaciji Noć Biologije, a za svoj uspjeh na diplomskom studiju nagrađen je nagradom Dekanice PMFa. Zaposlen je na projektu CRISPR/Cas9 – CasMouse u sklopu kojeg će na staničnom modelu FreeStyle™ 293-F kao i modelnom organizmu miša upotrebljavati molekularne alate koji se osnivaju na tehnologiji CRISPR/dCas9 u svrhu glikoinženjerstva antitijela imunoglobulina G i manipulacije kandidat gena uključenih u rad neurona miša.

Zavod za histologiju i embriologiju:

Zadatak partnera na projektu CRISPR/Cas9 - CasMouse je primijena molekularnih alata, koji se osnivaju na tehnologiji CRISPR/Cas9, u svrhu modulacije genske ekspresije kandidat gena u mišu kao modelnom organizmu. Miševi su idealan pretklinički model uspostave i validacije genskih i epigenetičkih preinaka nastalih na ovaj način. Očekuju se rezultati koji će ukazati na koji način bi se specifični alati CRISPR/Cas9, koje će dizajnirati, konstruirati i validirati Nositelj projekta, mogli primijeniti u očuvanju zdravlja i liječenju bolesti u ljudi. Obzirom na prethodno iskustvo partnerske istraživačke grupe u području neuroznanosti, posebno će se istraživati primjena molekularnih alata u mozgu miša. Njihova dostava i aktivacija u laboratorijskoj životinji uspostavit će se kroz tri koraka: i) transfekcijom staničnih linija nakon koje slijedi evaluacija i validacija pojedinog molekularnog alata, ii) dostavom i transfekcijom validiranog alata u ciljano tkivo miša virusima prikladnim za gensku terapiju, iii) te stvaranjem novih linija transgeničnih miševa. Uspješni način epigenetičke preinake upotrijebio bi se u završnoj fazi projekta na mišjim modelima bolesti mozga, a očekuje se mogućnost primjene u terapiji i liječenju ljudskih bolesti. Projekt CRISPR/Cas9 - CasMouse će se na Medicinskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu provoditi u Laboratoriju za regenerativnu neuroznanost Hrvatskog instituta za istraživanje mozga (http://www.hiim.unizg.hr/) . Ovaj laboratorij naziva se i GlowLab (http://www.hiim.unizg.hr/index.php/institut/glowlab), jer je nastao europskim projektom GlowBrain (http://glowbrain.hiim.hr) i posjeduje suvremenu opremu za snimanje i procjenu upotrijebljenih alata u živim miševima, optički snimač za bioluminiscencijska i fluoresecencijska snimanja miševa, te uređaj za snimanje magnetskom rezonancijom snage 7 Tesla, namijenjenog prvenstveno za visokorezolucijska snimanja mišjeg mozga.

Prof. dr. sc. Srećko Gajović, voditelj partnerskog tima

Profesor Srećko Gajović pročelnik je Katedre za histologiju i embriologiju Medicinskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, te Odjela za neurogenetiku, medicinsku genetiku i regenerativnu neuroznanost pri Hrvatskom zavodu za istraživanje mozga. Bio je koordinator EU-FP7 projekta „GlowBrain: kombiniranje matičnih stanica i biomaterijala za popravak mozga - otključavanje potencijala postojećeg istraživanja mozga putem inovativnog in vivo molekularnog snimanja“, a uspostavio je pretkliničku in vivo platformu (GlowLab) za snimanja magnetskom rezonancom ( 7T) i optička snimanja (bioluminiscencija i fluorescencija). Glavni znanstveni interes mu je oporavak mozga (posebno nakon moždanog udara) i povezanost oporavka s neuroinflamacijom i matičnim stanicama. Jedan je od osnivača međunarodne interdisciplinarne mreže Navigating Knowledge Landscapes (http://knowledge-landscapes.hiim.hr) koja se bavi načinom na koji se inovativno znanje prenosi u digitalnom društvu. Bivši je urednik Croatian Medical Journal, najboljeg časopisa opće medicine u Srednjoistočnoj Europi. Bivši je predsjednik COST domenskog odbora za biomedicinu i molekularne bioznanosti, bivši predsjednik Hrvatskog mikroskopskog društva, a sada predsjednik Hrvatskog udruženja za regenerativnu medicinu i terapiju matičnim stanicama. Član je Savjetodavnog odbora međunarodne organizacije "Liječnici protiv prisilnog uzimanja organa" (DAFOH), nominirane 2016. za Nobelovu nagradu za mir.

Prof. dr. sc. Marija Ćurlin

Marija Ćurlin je izvanredna profesorica na Katedri za histologiju i embriologiju Medicinskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Voditeljica je Laboratorija za neurogenetiku i razvojnu genetiku Hrvatskog instituta za istraživanje mozga i Centra za elektronsku mikroskopiju Medicinskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Svoje kompetencije u području stanične i molekularne biologije i neurogenetike miša, te u raznovrsnim postupcima oslikavanja mozga miša (bioimaging) primijenit će u posljednjoj fazi projekta tijekom izrade i validacije novih linija transgeničnih miševa.

Mirela Vranić, bacc. med. lab. diag

Mirela Vranić bacc. med. lab. dijagn. diplomirala je 1988. god. na Zdravstvenom veleučilištu u Zagrebu. Na Imunološkom zavodu u Zagrebu radila je u Odsjeku za kontrolu bakterijskih cjepiva i krvnih pripravaka. Pripravnički staž odradila je u Hrvatskom zavodu za transfuzijsku medicinu. Od 2000. godine zaposlena je na Medicinskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu gdje i sada radi kao viši laborant u histološkom laboratoriju. Godine 2017. godine stekla je iskustvo rada u histopatološkom i citološkom laboratoriju u Dječjoj bolnici Srebrnjak.

Nina Pećar, mag. ing. agr.

Nina Pećar stekla je titulu sveučilišna prvostupnica kemije 2012. godine na Odjelu za kemiju Sveučilišta J.J. Strossmayera u Osijeku, a titulu magistra agronomije 2015. godine na Fakultetu agrobiotehničkih znanosti u Osijeku. Laboratorijsko iskustvo stekla je još kao student u laboratoriju Zavoda za agroekologiju na Fakultetu agrobiotehničkih znanosti u Osijeku, te kasnije kao suradnik na projektu Poljoprivrednog instituta u Osijeku. Trenutno je zaposlena kao laborant na Medicinskom fakultetu u Zagrebu gdje se bavi tehničkim dijelom obrade tkiva u svrhu znanosti i različitih projekata.

Novozaposleni na projektu:

Matea Brezak, mag. biol. mol.

Titulu magistra molekularne biologije stekla je 2019. godine na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu s diplomskim radom u području regenerativne medicine u Laboratoriju za biomedicinu. Dodatno laboratorijsko iskustvo stekla je tijekom stručne prakse u Laboratoriju za reprodukciju sisavaca u sklopu instituta CEITEC i VRI u Brnu u Češkoj Republici, a uključivalo je analizu ekspresije gena te proteinskih interakcija u animalnim gametama. Trenutno je zaposlena na Medicinskom fakultetu u Zagrebu kao suradnica CasMouse projekta gdje radi na razvoju in vivo genske terapije moždanog udara. Znanstveni interesi: moždani udar, genska terapija, virusni vektori, animalni modeli.

Laura Skukan, mag. biol. exp.

U veljači 2019. godine diplomirala je eksperimentalnu biologiju, modul fiziologija i imunobiologija na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu u Zagrebu. Iskustvo rada u laboratoriju stekla je tijekom studiranja, volontirajući na Zavodu za animalnu fiziologiju i tijekom istraživanja koje je provela u Laboratoriju za tipizaciju tkiva KBC-a Zagreb, u svrhu izrade diplomskog rada. Nakon završenog fakulteta sudjelovala je u programu Erasmus, putem kojeg je odradila stručnu praksu u Laboratoriju za eksperimentalnu imunologiju u sklopu Sveučilišne bolnice u Frankfurtu s temom optimizacija protokola za proizvodnju virusnih vektora. Trenutačno je zaposlena kao suradnica na projektu CasMouse na Medicinskom fakultetu u Zagrebu. Njezin glavni interes je uspostava novih virusnih genetskih alata za primjenu u neuroznanosti, usavršiti i naučiti nove metode u staničnoj i molekularnoj biologiji te proširiti svoje iskustvo rada u laboratoriju.

Monika Berecki, mag. med. lab. diag.

Monika Berecki diplomirala je medicinsko laboratorijsku dijagnostiku 2020. godine na Medicinskom fakultetu u Osijeku. Radno iskustvo stekla je volontirajući u laboratoriju Katedre za medicinsku biologiju i genetiku te kliničkim laboratorijima KBC Osijek. Tijekom studiranja bila je predsjednica studentske Sekcije za neuroznanost (SenzOs), čija je osnovna zadaća bila organizacija manifestacije „Tjedan mozga“ na Medicinskom fakultetu u Osijeku. Trenutno je zaposlena kao suradnica na projektu CasMouse na Zavodu za histologiju i embriologiju Medicinskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, a primarni znanstveni interesi su joj animalni modeli te in vivo genska terapija ishemijskog moždanog udara.

PUBLIKACIJE

Odabrane publikacije znanstveno-istraživačke grupe za epigenetiku

Klarić L, Tsepilov AY, Stanton CM, Mangino M, Sikka TT, Esko T et al. (2020) Glycosylation of immunoglobulin G is regulated by large network of genes pleiotropic with inflammatory diseases. Science Advances 6(8). https://doi.org/10.1126/sciadv.aax0301

Josipović G, Zoldoš V, Vojta A (2019) Active fusions of Cas9 orthologs. J Biotechnol, 0;301:18-23. https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2019.05.306.

Tadić V, Josipović G, Zoldoš V, Vojta A (2019) CRISPR/Cas9-based epigenome editing: An overview of dCas9-based tools with special emphasis on off-target activity. Methods, July 15:164-165:109-119. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31071448/.

Šimurina M, de Haan N, Vučković F, Kennedy NA, Štambuk J, Falck D, Trbojević- Akmačić I, Clerc F, Razdorov G, Khon A, Latiano A, D'Incà R, Danese S, Targan S, Landers C, Dubinsky M; Inflammatory Bowel Disease Biomarkers Consortium, McGovern DPB, Annese V, Wuhrer M, Lauc G. Glycosylation of Immunoglobulin G Associates With Clinical Features of Inflammatory Bowel Diseases. Gastroenterology. 2018 Apr;154(5):1320-1333.e10. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29309774/

Klasić M, Markulin D, Vojta A, Samaržija I, Biruš I, Dobrinić P, Ventham NT, Trbojević Akmačić I, Šimurina M, Štambuk J, Razdorov G, Kennedy NA, Satsangi J, Dias AM, Pinho S, Annese V, Latiano A, D’Inca R, IBD consortium, Lauc G, Zoldoš V (2018) Promoter methylation of the MGAT3 and BACH2 genes correlates with the composition of the immunoglobulin G glycome in inflammatory bowel disease. Clinical Epigenetics, 10:75. https://clinicalepigeneticsjournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13148-018-0507-y

Ventham NT, Kennedy NA, Adams AT, Kalla R, Heath S, O’Leary KR, Drummond, IBD BIOM consortium, IBD CHARACTER consortium, Wilson C, Gut IG, Nimmo ER, Satsangi J (2016) Integrative epigenome-wide analysis demonstrates that DNA methylation may mediate genetic risk in inflammatory bowel disease. Nature Communications, 7:13507 https://www.nature.com/articles/ncomms13507

Hinneburg H, Korać P, Schirmeister F, Gasparov S, Seeberger PH, Zoldoš V, Kolarich D (2017) Unlocking cancer glycomes form histopathological formalin-fixed and paraffin embedded (FFPE) tissue microdissections. Molecular Cell Proteomics, 16(4): 524 –536 https://www.mcponline.org/content/mcprot/16/4/524.full.pdf

Klasić M, Krištić J, Korać P, Horvat T, Markulin D, Vojta A, Reiding KR, Wuhrer M, Lauc G, Zoldoš V (2016) DNA hypomethylation upregulates expression of MGAT3 gene in HepG2 cells and leads to changes in N-glycosylation of secreted proteins. Scientific Reports, 6, 24363 https://www.nature.com/articles/srep24363

Vojta A, Dobrinić P, Tadić V, Bočkor L, Korać P, Julg B, Klasić M, Zoldoš V (2016)Repurposing the CRISPR-Cas9 system for targeted DNA methylation. Nucleic Acids Research, 44(12): 5615 – 5628 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26969735/

Vojta A, Samaržija I, Bočkor I, Zoldoš V (2016) Glyco-genes change expression in cancer through aberrant methylation. BBA General Subjects, 1860(8):1776 – 1785 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26794090/

Theodoratou E, Campbell H, Ventham NT, Kolarich D, Pučić-Baković M, Zoldoš V, Fernandes D, Pemberton IK, Rudan I, Kennedy NA, Wuhrer M, Nimmo E, Annese V, McGovern DPB, Satsangi J, and Lauc G (2014) The role of glycosylation in IBD, Nature Rev Gastroenterol Hepatol, 11(10): 588 – 600 https://www.nature.com/articles/nrgastro.2014.78

Lauc G, Krištić J, Zoldoš V (2014) Glycans – the third revolution in evolution. Frontiers in Genetics, 5(145): 1 – 7 https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2014.00145/full

Krištić J, Vučković F, Menni C, Klarić L, Keser T, Beceheli I, Pučić-Baković M, Novokmet M, Mangino M, Thaqi K, Rudan P, Novokmet N, Šarac J, Missoni S, Kolčić I, Polašek O, Rudan I, Campbell H, Hayward C, Aulchenko Y, Valdes A, Wilson JF, Gornik O, Primorac D, Zoldoš V, Spector T and Lauc G (2014) Glycans are a novel biomarker of chronological and biological age. J Gerontol Biol Sci Med Sci, 69(7): 779 – 789 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24325898/

Lauc G, Vojta A, Zoldoš V (2014) Epigenetic regulation of glycosylation is the quantum mechanics of biology. BBA General Subjects, 1840(1): 65 – 70 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23999089/

Zoldoš V, Horvat T, Lauc G (2013) Glycomics meets genomics, epigenomics and other high throughput omics for system biology studies. Curr Opin Chem Biol, 17:34-40 https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1367593112001573

Zoldoš V, Novokmet M, Beceheli I, Lauc G (2013) Genomics and epigenomics of the human glycome. Glycoconjugate J, 30:41-50 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22648057/

Zoldoš V, Horvat T, Novokmet M, Cuenin C, Mužinić A, Pučić M, Huffman JE, Gornik O, Polašek O, Campbell H, Hayward C, Wright AF, Rudan I, Owen K, McCarthy IM, Herceg Z, Lauc G (2012) Epigenetic silencing of HNF1A associates with changes in the composition of the human plasma N-glycome. Epigenetics, 7:2, 164-172 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3335910/

Horvat T, Mužinić A, Barišić D, Herak Bosnar M, Zoldoš V (2012) Epigenetic modulation of HeLa cell membrane N-glycome. BBA General Subjects, 1820(9): 1412-1420 https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0304416511002996

Horvat T, Zoldoš V, Lauc G (2011) Evolutional and clinical implications of the epigenetic regulation of protein glycosylation. Clinical Epigenetics, 2: 425- 432 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3365393/

Zoldoš V, Grgurević S, Lauc G (2010) Epigenetic regulation of protein glycosylation. BioMolecular Concepts, 1: 253–261 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25962001/

Odabrane pulikacije Znanstveno-istraživačke grupe za neurobiologiju

Polsek D, Cash D, Veronese M, Ilic K, Wood TC, Milosevic M, Kalanj-Bognar S, Morrell MJ, Williams SCR, Gajović S, Leschziner GD, Mitrecic D, Rosenzweig I. The innate immune toll-like-receptor-2 modulates the depressogenic and anorexiolytic neuroinflammatory response in obstructive sleep apnoea. Sci Rep 2020 Jul https://www.nature.com/articles/s41598-020-68299-2

Pongrac IM, Dobrivojević Radmilović M, Brkić Ahmed L, Mlinarić H, Regul J, Škokić S, Babič M, Horák D, Hoehn M, Gajović S. D-mannose-coating of maghemite nanoparticles improved labeling of neural stem cells and allowed their visualization by ex vivo MRI after transplantation in the mouse brain. Cell Transplantation 2019;28(5):553-567 https://journals.sagepub.com/doi/full/10.1177/0963689719834304

Gorup D, Škokić S, Kriz J, Gajović S. Tlr2-deficiency is associated with enhanced elements of neuronal repair and caspase 3 activation following brain ischemia. Sci Rep 2019;9(1):2821 https://www.nature.com/articles/s41598-019-39541-3

Polšek D, Bago M, Živaljić M, Rosenzweig I, Lacza Z, Gajović S. A novel adjustable automated system for inducing chronic intermittent hypoxia in mice. PLoS One. 2017;12(3):e0174896 https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0174896

Pongrac IM, Dobrivojević M, Ahmed LB, Babič M, Šlouf M, Horák D, Gajović S. Improved biocompatibility and efficient labeling of neural stem cells with poly(L-lysine)-coated maghemite nanoparticles. Beilstein J Nanotechnol. 2016;7:926-36 https://www.beilstein-journals.org/bjnano/articles/7/84

Publikacije proizašle iz ovog projekta (sa zahvalom projektu CRISPR/CasMouse)

Mijakovac A, Miškec K, Krištić J, Vičić Bočkor V, Tadić V, Bošković M, Lauc G, Zoldoš V, Vojta A (2022) A transient expression system with stably integrated CRISPR-dCas9 fusion for regulation of genes involved in immunoglobulin G glycosylation. The CRISPR Journal April 5(2):237-253 https://doi.org/10.1089/crispr.2021.0089

Skukan L, Brezak M, Ister R, Klimaschewski L, Vojta A, Zoldoš V, Gajović S (2021) Lentivirus- or AAV-mediated gene therapy interventions in ischemic stroke: a systematic review of preclinical in vivo studies. Journal of Cerebral Blood Flow and Metabolism. Aug 24;271678X211039997. doi: 10.1177/0271678X211039997

Mijakovac A, Jurić J, Kohrt WM, Krištić J, Kifer D, Gavin KM, Miškec K, Frkatović A, Vučković F, Pezer M, Vojta A, Nigrović PA, Zoldoš V, Lauc G (2021) Effects of estradiol on immunoglobulin G glycosylation: Mapping of the downstream signaling mechanism. Frontiers of Immunology https://doi.org/10.3389/fimmu.2021.680227

Štambuk T, Klasić M, Zoldoš V, Lauc G (2021) N-glycans as functional effectors of genetic and epigenetic disease risk. Molecular Aspects of Medicine 2020.100891 https://doi.org/10.1016/j.mam.2020.100891

Mijakovac A, Frkatović A, Hanić M, Jelena I, Martinić Kavur M, Pučić Baković M, Spector T, Zoldoš V, Mangino M, Lauc G (2022) Heritability of the glycan clock of biological age. Frontiers in Cell and Developmental Biology. 10:982609; doi: 10.3389/fcell.2022.982609

SKUPOVI

Sudjelovanja na međunarodnim znanstvenim skupovima

Zoldoš V. Complex genetic regulation of IgG glycosylation. 3 rd Meeting of the Human Glycome Project Meeting. 2022 Split, Croatia. https://human-glycome.org/news/3rd-meeting-of-the-human-glycome-project

Zoldoš V. CRISPR/dCas9 methodology used in studies of regulation of IgG glycosylation in pleiotropy with inflammation. EMBO Workshop 2022, 23 – 26 September, Split, Croatia (pozvano predavanje)

Azra Frkatović, Anika Mijakovac, Karlo Miškec, Ozren Polašek, Krista Fischer, Marian Beekman, Manfred Wuhrer, Matthias Schulze, Clemens Wittenbecher, Christian Gieger, Tim Spector, Anna Kötgen, Caroline Hayward, James F. Wilson, Frano, Vučković, Jasminka Krištić, Vlatka Zoldoš, Lucija Klarić, Gordan Lauc (2022) Defining the genetic background of IgG galactosylation in humans. // SHG Annual Meeting 2022, USA Los Angeles, 2022 (postersko priopćenje)

Berecki M, Skukan L, Gajović S. Lentivirus-mediated gene modifications in mouse brain neurons and astrocytes, Joint ICGEB – ALS Society of Canada Symposium on Inflammation and Proteinopathy in ALS/FTD Spectrum Disorder. Rijeka, Croatia, 30. – 3. July 2022 (postersko priopćenje)

Vojta, Aleksandar; Mijakovac, Anika; Miškec, Karlo; Krištić, Jasminka; Vičić Bočkor, Vedrana; Lauc, Gordan; Zoldoš, Vlatka 2022. Cell line models with stably integrated CRISPR/ dCas9 fusions for studying the epigenetics of IgG glycosylation // Journal of Bioanthropology Zagreb: Institute for Anthropological Research, 2022. str. 138-138 doi:10.54062/jb (usmeno priopćenje)

Miškec, Karlo; Mijakovac, Anika; Frkatović, Azra; Krištić, Jasminka; Vujić, Ana; Lauc, Gordan; Vojta, Aleksandar; Zoldoš, Vlatka (2022) Functional validation of GWAS hits associated with IgG glycosylation using CRISPR/dCas9 transient expression system. // Journal of Bioanthropology Zagreb: Institute for Anthropological Research, 2022. str. 127-127 (usmeno priopćenje)

Nika Foglar, Goran Josipović, VlatkaZoldoš (2022) Effects of simultaneous manipulation of DNA methylation and histone posttranslational modifications on the expression of genes involved in epithelial-mesenchymal transition using CRISPR/dCas9 system // Journal of Bioanthropology' Zagreb: Institute for Anthropological Research, 2022 (postersko priopćenje)

Berecki M, Skukan L, Gajović S. (2022) Modification of Spry2 gene via lentiviral vector in mouse brain after ischemic stroke, 2nd International Conference on Neurological Disorders and Neurorestoration. Dubrovnik, Croatia, 19. - 22. May 2022 (postersko priopćenje)

Skukan L, Berecki M, Klimaschewski L, Gajović S. (2022) Application and effects of lentivirus mediated gene silencing of Spry2 gene in the mouse brain 2nd International Conference on Neurological Disorders and Neurorestoration. Dubrovnik, Croatia, 19. - 22. May 2022 (postersko priopćenje)

Aleksandar Vojta, Anika Mijakovac, Karlo Miškec, Jasminka Krištić, Vedrana Vičić Bočkor, Gordan Lauc, Vlatka Zoldoš (2021) Regulation of genes involved in IgG glycosylation using a transient expression system with stably integrated CRISPR/dCas9 fusions // PROGRAM AND ABSTRACTS FOR THE 2021 ANNUAL MEETING OF THE SOCIETY FOR GLYCOBIOLOGY USA San Diego, 2021. str. 72-72 (postersko priopćenje)

Karlo Miškec, Azra Frkatović, Anika Mijakovac, Gordan Lauc, Aleksandar Vojta, Vlatka Zoldoš (2021) Functional validation of GWA hits for IgG glycosylation pleiotropic with inflamatory diseases using CRISPR/dCas9 molecular tools. // PROGRAM AND ABSTRACTS FOR THE 2021 ANNUAL MEETING OF THE SOCIETY FOR GLYCOBIOLOGY USA San Diego, 2021. str. 99-99 (postersko priopćenje)

Skukan L, Brezak M, Ister R, Gajović S. (2021) A systematic review of preclinical in vivo studies on virus-mediated gene therapy in ischemic stroke. 8th Croatian neuroscience congress, Video Conference. 24. – 25. September 2021 (postersko priopćenje)

Berecki M, Heffer M, Gajović S. (2021) Epigenetic and genetic modifications of the GM1 ganglioside expression levels to study the neurorestorative properties of the molecule after an ischemic lesion of the mouse brain, Croatian neuroscience congress. Virtual congess, 24. – 25. September 2021 (postersko priopćenje)

Skukan L, Brezak M, Gajović (2021) A systematic review of preclinical in vivo studies about virus mediated preclinical interventions in ischemic stroke. 16th RECOOP Bridges in Life Sciences, Video Conference. 16. April 2021.

IZOBRAZBA

Izobrazba mladih istraživača:

Laura Skukan: 02.06. - 02.07.2021. Medizinische Universitat Innsbruck, Njemačka, znastveno usavršavanje u Laboratoriju Zavoda za neuroanatomiju (Zavodu za virologiju), koji vodi prof. dr. sc. Lars Peter Klimaschewski.  Tijekom jednomjesečnog usavršavanja obrazovala se i stekla vještinu intrakranijalnog unosa virusnog vektora u mozak miša te je napravila transfer tehnologije na Medicinski fakultet Sveučilišta u Zagrebu.

Nika Foglar: 05.08.2022. – 20.12.2022. Mayo Clinic Faculty, Rochester, SAD, znanstveno usavršavanje u Laboratoriju za funkcionalnu epigenomiku (Centar za individualiziranu medicinu Rochester), koju vodi dr. Alexandre Gaspar Maia. Tijekom petomjesečnog boravka u Laboratoriju za funkcionalnu epigenomiku stekla je znanja i vještine tehnike kromatinske imunoprecipitacije u svrhu analize kromatinskih epigenetičkih oznaka.

Laura Skukan i Monika Berečki: Tečaj za osposobljavanje osoba koje rade s pokusnim životinjama, B kategorija – LabAnim Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Zagrebu (Laboratory Animal Science Course, 80 hours, ekvivalent FELASA).